Công văn 564/TCT-CS về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp và sử dụng hoá đơn do Tổng cục Thuế ban hành

Kính gửi: Công ty Cổ phần Đầu tư Xây dựng Lương Tài

Trả lời công văn số 126/CV-2009 ngày 19/11/2009 của Công ty cổ phần Đầu tư Xây dựng Lương Tài về chính sách thuế TNDN và sử dụng hoá đơn, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Chính sách thuế TNDN:

Theo hồ sơ, Công ty cổ phần Đầu tư Xây dựng Lương Tài (Công ty) được thành lập theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 4103001480 do Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh cấp ngày 27/02/2003 với ngành, nghề kinh doanh: "Xây dựng công trình dân dụng - công nghiệp - giao thông - thuỷ lợi - thuỷ điện - cấp thoát nước. San lấp mặt bằng. Kinh doanh, xây dựng hạ tầng khu công nghiệp. Trang trí nội ngoại thất. Mua bán vật liệu xây dựng. Kinh doanh nhà. Môi giới bất động sản".

* Kỳ tính thuế trước năm 2004:

Việc xem xét các điều kiện ưu đãi đầu tư tại thời điểm thành lập Công ty năm 2003 theo các văn bản quy phạm pháp luật tại thời điểm năm 2003:

Để được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo Luật Khuyến khích đầu tư trong nước thì cơ sở kinh doanh phải được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư.

Trường hợp kỳ tính thuế năm 2003, Công ty Cổ phần Đầu tư Xây dựng Lương Tài thành lập nhưng chưa được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thì không được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Đến năm 2009, việc xử lý thuế TNDN của năm 2003 đã quá 5 năm và hết thời hiệu.

* Kỳ tính thuế năm 2004, 2005, 2006:

Tại Điểm 4, Điều 27 Chương VI Luật thuế TNDN số 09/2003/QH11 ngày 17/06/2003 quy định: "Trong trường hợp phát hiện và kết luận có sự khai man thuế, trốn thuế hoặc nhầm lẫn về thuế, cơ quan thuế có trách nhiệm truy thu tiền thuế, tiền phạt hoặc hoàn trả tiền thuế trong thời hạn năm năm trở về trước, kể từ ngày kiểm tra phát hiện có sự khai man thuế, trốn thuế hoặc nhầm lẫn về thuế; trường hợp cơ sở kinh doanh không đăng ký thuế, kê khai thuế, nộp thuế thì thời hạn truy thu tiền thuế, tiền phạt được tính từ ngày cơ sở kinh doanh bắt đầu hoạt động".

Tại điểm 8 Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập dn quy định: "Các cơ sở kinh doanh trong nước đã thành lập trước đây có điều kiện ưu đãi đầu tư theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây, nhưng chưa được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thì được hưởng ưu đãi về thuế theo các điều kiện ưu đãi đầu tư trước đây cho khoảng thời gian ưu đãi còn lại tính từ ngày 01/01/2004".

Tại điểm 7 Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 của Bộ Tài chính quy định: "Trong thời gian được miễn thuế, giảm thuế, nếu cơ sở kinh doanh thực hiện nhiều hoạt động kinh doanh thì phải theo dõi hạch toán riêng thu nhập của hoạt động kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán riêng được thì phần thu nhập của hoạt động kinh doanh được miễn thuế, ) tổng thu nhập chịu thuế nhân (x) với tỷ lệgiảm thuế được xác định bằng ( phần trăm (%) của doanh thu hoạt động kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế so với tổng doanh thu của cơ sở kinh doanh trong kỳ tính thuế".

Tại điểm 1 Điều 21 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP ngày 08/07/1999 quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi) số 03/1998/QH10 quy định: "Nhà đầu tư có dự án thành lập cơ sở sản xuất, kinh doanh đáp ứng điều kiện quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định này được miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, kể từ khi có thu nhập chịu thuế như sau: 1. Được miễn hai năm và giảm 50% số thuế phải nộp cho hai năm tiếp theo đối với dự án đáp ứng một điều kiện quy định tại Điều 15 Nghị định này".

Căn cứ quy định nêu trên và quy định tại Nghị định số 35/2002/NĐ-CP ngày 29/03/2002 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung Danh mục A, B và C ban hành tại Phụ lục kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP ngày 08/7/1999 của Chính phủ, Thông tư số 98/2002/TT-BTC ngày 24/10/2002 của Bộ Tài chính và nguyên tắc xác định thời gian ưu đãi còn lại quy định tại Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 của Bộ Tài chính, trường hợp Công ty có dự án đầu tư đã triển khai thực hiện trước ngày 01/01/2004 chưa được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư nếu đáp ứng 01 điều kiện quy định tại Nghị định số 35/2002/NĐ-CP ngày 29/03/2002: ngành nghề thuộc Danh mục A (Đầu tư xây dựng, kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao) thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho khoảng thời gian còn lại tính từ ngày 01/01/2004 cho Dự án đầu tư.

* Thủ tục miễn, giảm thuế từ kỳ tính thuế năm 2004:

Tại điểm 2 Mục IV Phần E Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính quy định: "Cơ sở kinh doanh tự xác định các điều kiện được ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập chịu thuế và quyết toán thuế theo đúng hướng dẫn tại Mục IV, Phần D Thông tư này".

Theo quy định tại khoản 4 Điều 27 Luật thuế TNDN số 09/2003/QH11 ngày 17/06/2003 thì thời gian truy thu, truy hoàn tiền thuế trong thời hạn năm năm trở về trước, kể từ ngày kiểm tra phát hiện có sự nhầm lẫn về thuế. Trường hợp do chưa nắm vững chính sách thuế, Công ty Cổ phần Đầu tư Xây dựng Lương Tài không kê khai, không thể hiện số thuế TNDN được miễn, giảm trong tờ khai quyết toán thuế TNDN các kỳ tính thuế từ năm 2004 - 2006 nên đã nộp thuế của năm được miễn, giảm thì Cơ quan thuế và Công ty kiểm tra xác định số thuế được thực hiện miễn cho thời gian còn lại là năm 2004, giảm 50% số thuế TNDN phải nộp cho năm 2005 và năm 2006 đối với phần thu nhập của hoạt động kinh doanh đáp ứng điều kiện ngành nghề Đầu tư xây dựng, kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghiệp cao.

* Xác định chi phí hợp lý được trừ để tính thu nhập chịu thuế TNDN:

Trường hợp trong năm 2004, các khoản chi phí tiếp tân có đầy đủ hoá đơn, chứng từ theo quy định của Bộ Tài chính được tính vào chi phí hợp lý được trừ để tính thu nhập chịu thuế TNDN nhưng bị khống chế theo quy định tại điểm 11 Mục III Phần B Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính.

2. Sử dụng hoá đơn:

Điểm 2, điểm 3.1 Phần C Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30/12/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 7/11/2002 của Chính phủ quy định về việc in, phát hành, quản lý, sử dụng hoá đơn quy định:

Điểm 2: "Tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm quy định tại Điều 12, 13, 14, 15, 16 của Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 07/11/2002 của Chính phủ, ngoài việc bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại các Điều trên nếu làm thất thoát tiền thuế của Ngân sách Nhà nước thì:

2.1- Bị truy thu đủ số thuế trốn.

2.2- Bị xử phạt về thuế theo quy định tại các Luật thuế. Trường hợp vi phạm nghiêm trọng thì bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật".

Điểm 3.1: "... Đối với tổ chức, cá nhân đã mua hoá đơn nhưng sử dụng bất hợp pháp (bỏ trốn) thì hoá đơn đó không được chấp nhận kê khai để tính khấu trừ thuế GTGT hoặc hoàn thuế GTGT và không được tính vào chi phí hợp lý".

Điểm 1.3 Mục III Phần B Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính; điểm 1.3 Mục III Phần B Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng quy định: "Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp: hoá đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hoá đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hoá đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT); không ghi hoặc ghi không đúng tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán; hoá đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hoá đơn bị tẩy xoá, hoá đơn khống (không có hàng hoá, dịch vụ kèm theo); hoá đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hoá, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi."

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp cơ quan thuế, cơ quan công an, cơ quan chức năng khác trong quá trình kiểm tra, xác minh, điều tra đã có kết luận hoá đơn do cơ sở kinh doanh sử dụng là bất hợp pháp thì Công ty Cổ phần Đầu tư Xây dựng Lương Tài không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào, trường hợp đã khấu trừ (hoặc đã được hoàn) thì cơ quan thuế xử lý truy thu, truy hoàn số thuế GTGT đã khấu trừ (đã hoàn).

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty được biết và đề nghị liên hệ trực tiếp với Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh để được hướng dẫn cụ thể theo điều kiện thực tế mà Công ty đáp ứng./.