Công văn 02/HQHCM-TXNK năm 2016 về hoàn thuế giá trị gia tăng hàng nộp thừa đã kê khai do Cục Hải quan thành phố Hồ Chí Minh ban hành

Kính gửi: Tổng cục Hải quan

Ngày 06/11/2015, Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh nhận được vướng mắc của Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực 1 về việc hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa đã kê khai của Công ty TNHH Nhất Lục Phát. Cụ thể như sau:

Vào tháng 08/2014, Công ty TNHH NHất Lục Phát có đăng ký 04 tờ khai nhập khẩu bông thiên nhiên (nguyên liệu) chưa chải thô, chưa chải kỹ (mã số thuế 52.01.0000) tại Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn Khu vực 1 và tiến hành nộp thuế GTGT 5% với số tiền thuế GTGT là 3.299.571.320 đồng.

Sau gần 10 tháng, đến 13/6/2015, doanh nghiệp có tiến hành truyền sửa điều chỉnh giảm số thuế GTGT từ 5% xuống đối tượng không chịu thuế GTGT và được Chi cục chấp nhận. Như vậy số thuế GTGT phải nộp của các tờ khai nhập khẩu nêu trên giảm về 0 đồng.

Tuy nhiên trong tháng 08/2014 doanh nghiệp có kê khai khấu trừ thuế GTGT nhập khẩu của các tờ khai hải quan nêu trên với số tiền 3.299.571.320 đồng, và tiến hành kê khai điều chỉnh giảm khấu trừ thuế GTGT của các tờ khai hải quan nêu trên vào tờ khai thuế GTGT tháng 06/2015 (nộp bổ sung lần 2, trong đó có điều chỉnh giảm số thuế GTGT nhập khẩu của các tờ khai hải quan trên số tiền 3.299.571.320 đồng). Việc điều chỉnh này đã được Chi cục Thuế quận Tân Bình TP.HCM xác nhận tại công văn 28287/CCT-KKKTTTH ngày 04/11/2015 về việc xác nhận Doanh nghiệp chưa hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu.

Việc hoàn thuế cho trường hợp phát sinh đã kê khai khấu trừ thuế GTGT tại Chi cục thuế địa phương nhưng đã kê khai giảm khấu trừ thuế GTGT tương ứng nếu nhưng doanh nghiệp chưa thực hiện kiểm tra quyết toán thuế tại Chi cục Thuế địa phương trong thời gian điều chỉnh có phù hợp theo quy định hay không?.

Công ty TNHH Nhất Lục Phát cũng đã được Chi cục thuế Quận Tân Bình xác nhận tại công văn 28287/CCT-KKKTTTH ngày 04/11/2015 về việc xác nhận chưa hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu.

Kiểm tra hồ sơ 04 tờ khai nêu trên được thông quan luồng vàng.

Căn cứ theo công văn số 11613/BTC-TCT ngày 19/8/2014 của Bộ Tài chính thì:

“Sản phẩm bông đã tách hạt, tách cọng; bỏ vỏ; lọc rác để loại bỏ một phần tạp chất, đóng kiện (bông thiên nhiên chưa chải thô hoặc chưa chải kỹ) thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Sản phẩm bông đã qua chải thô hoặc chải kỹ (bông sơ chế) thuộc đối tượng chịu thuế GTGT 5%”.

Cục Hải quan TP.HCM có 2 vướng mắc, xin báo cáo Tổng cục Hải quan có ý kiến chỉ đạo 2 nội dung dưới đây:

1. Hồ sơ thông quan luồng vàng nên không có căn cứ xác định hàng nhập khẩu là sản phẩm bông đã tách hạt, tách cọng, bỏ vỏ, lọc rác để loại bỏ một phần tạp chất, đóng kiện (bông thiên nhiên chưa chải thô hoặc chưa chải kỹ) hay là Sản phẩm bông đã qua chải thô hoặc chải kỹ (bông sơ chế).

2. Thời gian từ lúc nộp thuế GTGT đến lúc khai giảm thuế GTGT quá lâu (10 tháng). Xác nhận của Chi cục Thuế quận Tân Bình có thể xem là căn cứ pháp lý để chấp nhận điều chỉnh thuế GTGT từ 5% về 0% (không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT)?.

Cục Hải quan thành phố Hồ Chí Minh báo cáo Tổng cục Hải quan được biết và hướng dẫn xử lý./.